Linh dương đầu bò đen đặc biệt nhạy cảm với bệnh than, dịch hiếm, phân tán rộng rãi từng được ghi nhận và có khả năng gây tử vong cao.[23] Mất điều hòa liên quan đến bệnh lý tủy và nồng độ đồng thấp trong gan cũng được phát hiện ờ loài này.[24] Bệnh tim nước (Ehrlichia ruminantium) là 1 chứng bệnh ký sinh do nhóm vi khuẩn rickettsia gây ra có ảnh hưởng đến linh dương đầu bò đen, cũng như linh dương đầu bò xanh bị ảnh hưởng chí tử do dịch tả trâu bò và lở mồm long móng, người ta tin rằng linh dương đầu bò đen cũng có khả năng mẫn cảm với nhiều loại bệnh trên. Sốt viêm ác tính trâu bò là một căn bệnh gây tử vong cho bò nhà, gây ra bởi vi rút gammaherpesvirus. Dường như, giống với linh dương đầu bò xanh, linh dương đầu bò đen tích chứa vi rút và giống tất cả động vật mang mầm bệnh, liên tục bị nhiễm bệnh nhưng không có triệu chứng thể hiện. Vi rút lây truyền từ mẹ sang con trong thai kỳ hoặc ngay sau khi sinh.[25]

Linh dương đầu bò đen hoạt động như vật chủ của số ký sinh trùng bên ngoài và bên trong. Một nghiên cứu tại Karroid Mountainveld (Đông Cape, Nam Phi) cho thấy sự hiện diện tất cả giai đoạn ấu trùng loài ruồi ký sinh dưới mũi, Oestrus variolosus và Gedoelstia hässleri. Giai đoạn giữa hai lần thay lông đầu tiên của ấu trùng G  hässleri phát hiện với số lượng lớn trên màng cứng ở linh dương non, đặc biệt từ tháng 6 đến tháng 8, sau đó di chuyển đến đoạn mũi.[26] Dịch bệnh ghẻ lở lặp đi lặp lại đã dẫn đến sự tuyệt chủng quy mô lớn.[2] Nghiên cứu đầu tiên về động vật nguyên sinh trong linh dương đầu bò xanh và đen cho thấy sự hiện diện 23 loài sinh vật đơn bào trong dạ cỏ, có cả Diplodinium bubalidis và Ostracodinium damaliscus phổ biến ở tất cả cá thể.[27]